Bachtäler und Flussauen stellen natürliche Retentionsräume für Hochwasser dar („Gewässerretention“). Die Retention im Gewässerbett wird durch Faktoren wie Fließgewässergefälle, Sohl- und Uferrauhigkeit, Fließquerschnitt und die Fliesstrecke bestimmt. Der Gewässerausbau mit Laufbegradigungen, Sohl- und Uferbefestigungen führt zu einer Entkoppelung von Wasserläufen und ihren Auen, so dass die Gewässerretention stark reduziert oder aufgehoben ist. Die Bewertung der Funktionsfähigkeit der Fließ- und Stillgewässer hinsichtlich Wasser- und Stoffretention wird aus der durch die Biotoptypenkartierung vorgegebenen Einstufung bzgl. der Naturnähe der Gewässerstruktur abgeleitet (vgl. Tabelle A 3.3-18 im Anhang). Sie deckt sich mit den Angaben im „Gewässergütebericht Oker 2002“ (NLö & NLWK 2002) zur Gewässerstrukturgüte (Schunter: stark bis vollständig verändert) sowie Gewässergüte (Schunter einschließlich Nebenflüsse: mäßig bis kritisch belastet).
Als „Naturnahe Bäche“ ausgewiesene Gewässer kennzeichnet ein mehr oder weniger unverbauter Verlauf mit naturnaher Ufervegetation (u.a. Eschensäume, Feuchtgebüsche), kiesig-sandige Sedimenten und unterschiedlichen Fließgeschwindigkeiten. Die an die Gewässermorphologie und Vegetationsausprägung gebundene Filterwirkung ist an diesen Gewässerabschnitten gegeben und trägt in hohem Maße zur Selbstreinigung und damit zur Stoffretention bei. Im Plangebiet sind die im Waldgebiet des Elms gelegenen Fließgewässerabschnitte des Schambaches, Schierpkebaches als naturnah eingestuft sowie Fließgewässerabschnitte kleinerer Bäche im Dorm und beim Klostergut Hagenhof. An den naturfernen, i.d.R. begradigten Gewässerabschnitten der Schunter, Flößgraben, Lutter, Uhrau und Scheppau sowie Lauinger Mühlenriede herrschen durch den Ausbau kasten- oder trapezförmige Regelprofile vor. Dadurch ist die Gewässermorphologie einheitlich, regulierende Bauwerke (z.B. Sohlschwellen) sind zahlreich. Eine naturraumtypische Vegetation ist nicht oder nur sehr lückig vorhanden. Gewässertypische Lebensraumqualitäten sind ebenso beeinträchtigt wie die Fähigkeit, den Wasserabfluss zu verlangsamen bzw. zu verstetigen oder Stoffkreisläufe durch die Prozesse der Selbstreinigung kleinräumig zu schließen.
Nährstoffreiche Stillgewässer nehmen im Plangebiet rund 15 ha. Sie umfassen Tümpel, Altwässer, Kleingewässer, Stauteiche, Torfstiche und Baggerseen, die aufgrund der naturnahen Uferstrukturen mit Verlandungszone und Schwimmblattvegetation und entsprechenden Lebensraumqualitäten eine besondere Funktionsfähigkeit aufweisen. Stillgewässer mit strukturarmen Ufer, weitgehender Vegetationsfreiheit oder beeinträchtigender Nutzungen (z.B. Bodenabbau) werden als naturfern dargestellt. Sie stellen mit rund 41 ha fast drei Viertel der Stillgewässerfläche und umfassen u.a. Fischteiche, Abbaugewässer, Klär- und Absetzbecken.
In der Karte 3b „Wasser- und Stoffretention“ sind Naturnahe Fließgewässer (Linien) und Naturnahe Stillgewässer (Fläche) in blau dargestellt, Naturferne Fließgewässer und Naturferne Stillgewässer pinkfarben. Die Textkarte 3.3-2 gibt einen überblick über die Oberflächengewässer im Plangebiet.