Naturschutzgebiete (NSG) nach § 24 NNatG sind das zentrale Instrument der Naturschutzverwaltungen zum Schutz von ökosystemen. In ihnen sollen überwiegend natürliche, naturnahe und halbnatürliche ökosysteme geschützt und – wo nicht mehr ausreichend vorhanden - wieder entwickelt werden. In Naturschutzgebieten sollen Nutzungen und Maßnahmen soweit eingeschränkt werden, wie dies zur Erfüllung des jeweiligen Schutzzweckes erforderlich ist. Da der Schutzzweck auf den Erhalt natürlicher, naturnaher und halbnatürlicher Gebiete abzielt, ist eine Nutzung dieser Flächen i.d.R. eingeschränkt und mit Regelungen der §§ 49-52 (NNatG) z.B. zur Entschädigung und zum Erschwernisausgleich verbunden. Naturschutzgebiete werden in Niedersachsen nach gültiger Rechtslage von der Oberen Naturschutzbehörde ausgewiesen, d.h. von den Bezirksregierungen, im Falle Königslutters von der Bezirksregierung Braunschweig. Voraussichtlich wird die Zuständigkeit künftig auf die Unterer Naturschutzbehörde (UNB) Helmstedt verlagert werden.
Zur Zeit existieren im Planungsgebiet drei Naturschutzgebiete mit einer Gesamtfläche von 416 ha (siehe Tabelle A 5.1-1). Im Einzelnen sind dies:
Für die NSG Rieseberger Moor (Luckwald 1994) und Lutterlandbruch (Luckwald 1995) liegen aktuelle Pflege- und Entwicklungspläne vor, für das NSG Rieseberg dagegen lediglich ein forstlicher Betriebsplan. Dieser ist aus Sicht des Naturschutzes unbefriedigend und sollte durch ein naturschutzfachliches Pflege- und Entwicklungskonzept ergänzt werden. Der Landschaftsrahmenplan Helmstedt (Cassel et al. 2000) weist für das Planungsgebiet 17 Gebiete aus, die die Voraussetzungen zur Ausweisung als Naturschutzgebiet erfüllen (vgl. Tabelle A 5.1-2). Zusammen belegen diese Gebiete eine Fläche von 2634,60 ha. Der Landschaftsplan folgt den Zielvorstellungen des Landschaftsrahmenplans in diesem Punkt vollständig.