Wie in der Einleitung dargestellt, liegen im Planungsgebiet lediglich Flächen des niedersächsischen Fließgewässerschutzsystems (Rasper et al. 1991). Dieses System basiert auf der Annahme, dass nicht alle niedersächsischen Fließgewässer geschützt werden können, sondern eine sinnvolle Auswahl getroffen werden muss. Daher wurden auf der Ebene der Naturräumlichen Regionen repräsentative Gewässer ausgesucht. Dieses Vorgehen stellt sicher, dass die verschiedenen Fließgewässertypen, die typische Vernetzung der Fließgewässer sowie die Besiedlungsgeschichte der Fließgewässer in der Konzeption berücksichtigt wird. Ein funktionsfähiges Fließgewässerschutzsystem schließt daher mindestens ein naturnahes Fließgewässer pro Naturräumlicher Region und pro Einzugsgebiet der großen Flüsse ein sowie das Ziel dieses Gewässer von der Quelle bis zur Mündung für alle Fließgewässerarten durchgängig, d.h. passierbar zu machen. Innerhalb dieses Systems stellen die Hauptgewässer die Kernstücke dar. Sie repräsentieren den Fließgewässertyp der betreffenden Naturräumlichen Region und sind von der Quelle bis zur Mündung zu schützen sowie zu renaturieren. Hierzu müssen Beeinträchtigungen am Gewässer beseitigt werden und das überschwemmungsgebiet reaktiviert werden. Im Einzelnen sind zu nennen:
Die Nebengewässer sind Seitengewässer der Hauptgewässer und ebenfalls in einen naturnahen Zustand zu überführen. Sie dienen Arten als Laichhabitate bzw. Rückzugsraum im Falle von „Katastrophen“ wie z.B. einem Abwasserunfall im Hauptgewässer. Im übrigen münden die Nebengewässer in die Hauptgewässer, so dass sie diese über die Wasserqualität beeinflussen.
Das Planungsgebiet wird von der Schunter durchflossen, der im Fließgewässerschutzsystem die Rolle eines Hauptgewässers der 1. Priorität zugewiesen wurde (Rasper et al. 1991). Die Fläche des Fließgewässerschutzsystems im Planungsgebiet nimmt eine Fläche von ca. 857 ha ein (NLö 2002, 2003b). Die Abgrenzung ist weitgehend identisch mit der der Altaue. Die Schunter repräsentiert den stärker kontinental geprägten Teil der Naturräumlichen Region Börde (7b). Als Nebengewässer werden für das Planungsgebiet genannt: Schierpkebach, Lutter, Uhrau, Lauinger Mühlenriede und Scheppau (Rasper et al. 1991: 103).